Image J角度测量、粒径测量和其他基础测量

01 

角度测量

角度测量有专门的角度测量工具Angel Tool，不过利用直线工具也可以进行简单的角度测量。

1、选择File-Open Samples-Leaf，打开软件自带例图；

2、利用Angel Tool（角度工具）画出要测量的角度，比如下图的叶脉夹角，然后选择Analyze-Measure（快捷键Ctrl+M或者M），即可得到角度值；

3、利用Straight Line（直线工具）画一条直线（下面的青色线条），然后选择Analyze-Measure（快捷键Ctrl+M或者M），也可以获得一个角度，这个角度是直线与X轴正半轴的夹角；

 

02

粒径测量

 

Feret’s diameter（费雷特直径）是对不规则颗粒大小描述的常用参数。经过该颗粒的中心任意方向的直径称为一个费雷特直径。可以每隔10°方向取一个费雷特直径，一般用这36个费雷特直径一起描述一个颗粒，36个费雷特直径可以取平均费雷特直径、最大费雷特直径和最小费雷特直径；如果为了获得更精确的数据，旋转角度步长可以更小。

在Image J里面，Feret表示最大费雷特直径，采用a double loop over the corner pixels算法进行计算；minFeret表示最小费雷特直径，采用0.5度步长旋转角度进行计算。

下面统计一些颗粒的粒径，前面4步具体见：Image J进行细胞和菌落计数：不能装逼的几个方法。

1、File-Open Samples-Blobs，打开一张例图；

2、Image-Type- 8-bit；

3、Image-Adjust-Threshold，默认参数，Apply；

4、Process-Binary-Watershed；

5、Analyze-SetMeasurement，勾选Feret’s diameter；

6、Analyze-Analyze Particles，勾选如下;

7、Results（结果）里面可以看到粒径信息：Feret（最大费雷特直径）、FeretX、FeretY是最大费雷特直径的左上角端点坐标，FeretAngle表示最大费雷特直径和X正半轴夹角，minFeret表示最小费雷特直径；可以自行计算最大和最小费雷特直径的几何平均值来表示粒径大小。

03 

其他基础测量

其他基础测量是指ImageJ 的Set Measurements中所列的测量选项。在进行测量（Analyze-Measure）之前需要先勾选所需要测量的选项，最后结果才会有该项目。

选择Analyze-SetMeasurement：

在《高分文献中的Western Blot定量柱状图是如何实现的?》一文中我们已经用过Area（面积）和IntergratedDensity（加和密度）测量了。剩下的都是一些基于选区的常规测量，把这些测量选项翻译如下，都比较好理解，顾名思义即可。

下面几个可能不太好理解，大概说一下。

• LimitTo Threshold（限定到阈值）是指通过Threshold建立选区之后，进行的测量是否限定在选取之内，如果不勾选，测量的就是整个图片；
• Display Label（显示图源标签）在涉及到多张图片测量的时候很有用，可以将每一个测量结果进行来源区分；
• Add To Overlay（添加到Overlay），如果在选取测量之后，还需要进一步操作的时候可以勾选此项。
• Redirect To（重定向）可以将同样的选区测量设置，应用到相同视野的下一张照片，无需再次建立选区。

相关阅读

建议萌新按照以下顺序阅读

1、Image J的插件增强版Fiji，了解一下？

2、Image J基本操作：万丈高楼平地起，骚操作还要基础牢

3、Image J基础操作：选区和选区管理器

4、Image J基础操作：给图片添加文字和标注

5、Image J进行细胞和菌落计数：不能装逼的几个方法

6、本文

7、高分文献中的Western Blot定量柱状图是如何实现的?

8、利用Image J拆分和Merge荧光图片

原文始发于微信公众号（张老湿科研作图）：Image J角度测量、粒径测量和其他基础测量