Image J 也能做热图可视化！插件集BAR真香~

大家都知道，Image J最大的优点就是它是开源的，并且有大量的插件和脚本可以使用。其中BAR（A collection of Broadly Applicable Routines）程序集包含了用于数据分析、图像注释和图像分割的宏、脚本和插件，主要是对Image J一些已有的基础功能进行加强，尤其在可视化方面。下面来看看这个插件吧~

 

01

BAR下载和安装

1、运行Help › Update...，然后选择管理更新站点，等待……（速度奇慢无比）。

2、在按字母顺序排列的更新站点列表中，勾选BAR复选框，点击Close。

3、会发现Image J updater里面多了一行，plugins/BAR_jar，点击Apply changes（应用更改），开始下载安装BAR程序集，下载速度奇慢无比。

4、下载成功之后，点击确定，重启image j（Fiji），会多出来一个BAR菜单。

02 

ROI可视化

BAR里面有个ROI Color Coder（选区彩色编码器），可以对ROI进行可视化显示，获得热图效果。

以下步骤前面6步具体参考《Image J进行细胞和菌落计数：不能装逼的几个方法》《Image J角度测量、粒径测量和其他基础测量》

1、File-Open Samples-Blobs，打开一张例图；

2、Image-Type- 8-bit；

3、Image-Adjust-Threshold，默认参数，Apply；

4、Process-Binary-Watershed；

5、Analyze-Set Measurement，勾选Area和Feret’s diameter；

6、Analyze-Analyze Particles，勾选如下;

7、选择BAR-Annotation-ROI Color Coder，根据需要进行参数设置；

这个设置方式很简单，基本只要设置三个地方：一是选择可视化的项目，这里是Area，还可以选择粒径相关的Feret直径参数；二是LUT里面选一个你喜欢的颜色；三是对图例进行设置，如果进行了校正就把你校正后的单位写上，默认是pixels^2，还有关于字体方面的设置。

下面是官方的设置说明：

可以获得下面的结果，重要的是两个有颜色的图：

把图片整理一下，可以弄成下面的效果：

如果你不需要使用Watershed进行分割，那么第三步Image-Adjust-Threshold，默认参数，不点击Apply，而是红色蒙版来建立选区，可以将这种可视化建立在原图片上面；

整理可以获得下面的效果，右边是Feret直径的可视化，可以自己试一下。

03 

选区参数的频数分布

使用Distribution Plotter插件，可以对选区结果比如Area、Feret直径等进行简单统计和频数分布绘图。

1、点击BAR-Data Analysis-Distribution Plotter，选择绘制Parameter为Area：

2、设置非常简单，就算不看官方文档，多试几次就明白怎么回事了；

3、结果得到面积频数图，一些常见的统计量如平均值Mean、标准差SD之类的标注在图片上面。

参考资料

BAR插件主页：https://imagej.net/BAR

Fiji所有插件：https://imagej.net/Category:Plugins

 

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1、Image J的插件增强版Fiji，了解一下？

2、Image J基本操作：万丈高楼平地起，骚操作还要基础牢

3、Image J基础操作：选区和选区管理器

4、Image J基础操作：给图片添加文字和标注

5、Image J进行细胞和菌落计数：不能装逼的几个方法

6、Image J角度测量、粒径测量和其他基础测量

7、本文

8、高分文献中的Western Blot定量柱状图是如何实现的?

9、利用Image J拆分和Merge荧光图片

原文始发于微信公众号（张老湿科研作图）：Image J 也能做热图可视化！插件集BAR真香~