Image J基础操作：选区和选区管理器-如图所示|张老湿科研绘图

选区是以及其他图像处理软件中的一种基本操作单元，只有建立了选区之后才能针对选区进行一些分析和计算。比如，对图像中的每个物体记录一个选区，则可以通过统计选区数目来计数；也可以分析每个选区内的某些属性，比如依据选区进行划线、填充，测量该选区的面积、周长、直径、光/灰阶密度等。

中建立选区的方法大概可以分为两类：直接选区工具和间接选区工具。直接选区工具是指工具栏里面列出来的6类工具，而间接选区工具一般指的是Threshold（阈值）工具以及一些其他特殊用途的插件。

直接选区工具

包括工具栏前面5个工具以及第8个魔棒工具，每个工具如果右下角有红色倒三角形的，代表里面还有其他同类型工具：

Rectangle（矩形选区）下面还有Rounded Rectangle（圆角矩形）和Rotated Rectangle（旋转矩形），各工具效果如下图；其中圆角矩形还可以双击设置属性，包括Stroke Width（描边粗细），Corner Diameter（圆角角度），Color（描边颜色）和Fill（填充颜色）；
Oval Selection（正椭圆选择工具）下面还有Elliptical Selection（旋转椭圆选择工具）和Selection Brush Tool（选择刷工具），各工具效果如下图。其中Selection Brush Tool有点类似于Photoshop的“快速选择工具”，但是远没有“快速选择工具”智能。Selection Brush Tool在内部涂抹表示增加选区，在外面涂抹表示减去选区。
Polygon Selection（多边形选择工具），顾名思义可以左键点击形成多边形，最后要封口的时候右键单击。
Freehand Selection（自由选择工具），通过自由绘制来建立选区，最后松开鼠标左键会自动直线连接起点进行封口。
Straight Line（直线工具），可以画直线，按住Shift键可以画水平线和竖直线；Segmented Line（线段工具），可以以线段的形式绘制图形，右键退出绘制；Freehand Line（自由曲线工具）可以绘制自由曲线，松开鼠标即完成绘制；Arrow Line（箭头工具）用于绘制箭头。

要注意的是，这些都是选区工具，只是用于建立选区，而不是绘图工具。如果需要利用选区工具绘图，还需要在绘制好选区之后选择：Edit-Draw（描边，快捷键Ctrl+D），使用事先设定好的颜色和粗细进行绘制；也可以填充设定好的颜色Edit-Fill（填充，快捷键Ctrl+F）。文字工具也是如此，必须Edit-Draw，才能盖印到图片上。当然还有其他方法可以添加标注，下次讲下。

Wand Tool（魔棒工具）。Wand Tool是个半自动工具，可以配合自身的Tolerance（容差）参数快速建立选区；也可以在调用Threshold（阈值）蒙版之后进行快速选择。

间接选区工具

使用Threshold（阈值）或Color Threshold（色彩阈值）进行快速选区建立。Threshold（阈值）针对灰度图自动建立选区，Color Threshold（色彩阈值）针对RGB彩色图自动建立选区，详见《细胞和菌落计数》一文。

选区管理器

建立选区之后要求立即使用，要么描边填充，要么测量，否则点击其他的地方时候选区就会消失。但有时候需要反复用到选区或者在几个步骤之后才考虑使用选区，或者多个同类选区一起使用以减少重复操作，这个时候要用到ROI Manager（Region of Interest Manager，感兴趣区域管理器？废话，不感兴趣你选出来干嘛？选区管理器）。把获得的选区添加到ROI Manager可以对选取再次调用、修改以及直接测量，拓展了选区的自由性，在进阶测量里面经常使用。

1、选择Analyze-Tools-ROI Manager，打开ROI Manager，会弹出一个新的窗口；

由于选区管理器藏得比较隐蔽，使用频率又比较高，我们可以为它设置一个快捷键，选择Plugins-Shortcuts-Add Shortcut。

q键还没被分配快捷键，又刚好在左手下面，很方便，就是它了。以后我按q键就会调出选区管理器。

2、随便使用一个选区工具建立一个选区，点击ROI Manager中的Add就把该选区记录下来了，会自动以编号为名在左边窗口进行记录。

在ROI Manager中，可以对该选区名字进行修改（Rename）、删除（Delete）、查看属性（Properties），以及直接进行选区测量（Measure），具体测量什么，需要在Analyze-Set Measurement里面设置；如果对选区进行了修改（比如调整大小），可以更新（Update）该选区；以及还有一个拼合图层（Flatten）的功能，可以把选区和本底图片一起盖印生成新的图片，比如本教程前面的一些截图中演示了几个选区工具在图片中的表现形式，就是通过这个功能实现的；此外还可以将箭头标注、文字、标尺盖印在图片上。其他一些小细节，用到的时候再说。

好了，这么一篇文章下来，几乎把Image J的工具栏都介绍了一遍，还有Point Tool（单点工具）在《细胞和菌落计数》一文里面有介绍；Magnifying Glass（缩放工具）和Scrolling Tool（抓手工具），没什么好说的，用过Photoshop就知道咋回事；而剩下三个Dev、Stk、LUT Menu（Look Up Tables，查找表，我还是喜欢Photoshop里面的翻译“颜色查找器”，更直观），除了LUT可能要专门介绍一下之外，其他用到再说。

LUT的使用在《利用拆分和Merge荧光图片》一文里面有提及。