如图所示|张老湿科研绘图本号和济南馨艾生物科技有限公司携手承接分子模拟服务和培训业务。
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承接公司老板是张老湿的大学同学老常，这货在知名药企做药物研发7年多，研究分子对接9年多。服务过的对象好像除了北大还没接过单之外，其他高校都有过合作了，经验方面没的说~~
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1：蛋白，DNA,RNA三维结构预测
2：药物与蛋白，DNA,RNA等结合方式及结合位点预测
3：蛋白-蛋白，蛋白-DNA，蛋白-RNA等结合方式及结合位点预测
4：分子动力学分析药物蛋白结合，蛋白-蛋白等结合及结合自由能
5：反向或者虚拟筛选预测某些靶点蛋白的潜在药物分子结构
具体服务内容见下文。
目前的获得蛋白结构的方式主要有三种：X-ray，NMR和电镜。如果实验室没有此条件，计算机模拟手段可以解决未知蛋白的三维空间结构，为您的课题提供助力；也可以通过同源建模或者从头建模方式计算获得空间三维结构，便于后期药学、分子生物学等课题的开展。同源建模Homology modeling是利用已知的蛋白质三级结构为参照，分析氨基酸序列相近的新蛋白的三级结构的技术。给定氨基酸序列，通过Modeller等建模软件获取蛋白质建模三维结构，并通过分子动力学分析获取初步的可靠蛋白结构。若同源相似性较低的蛋白，可以通过从头建模Rosetta软件进行预测蛋白三维结构。
图1：计算模拟预测水母状蛋白结构
图2：计算模拟预测单链DNA适配体结构
蛋白，DNA及RNA三维结构的预测为临床医生，药物设计进行分子生物学的研究提供了前提，一方面从结构角度了解生物大分子结构性质，另一方面便于后续进行分子对接，分子动力学等研究开展，进而辅助实验的进行及文章的发表。
分子对接是依据配体与受体作用的“锁-钥原理”，计算模拟分子配体与受体生物大分子相互作用的方法。分子对接主要分为“蛋白质-小分子”、“DNA-小分子”、“RNA-小分子”对接。药物小分子可以通过Autodock，Vina等软件与以上生物大分子进行对接能量分析，评估不同小分子配体与靶点蛋白的结合能力，从计算机模拟角度进行构效关系分析，并预测结合位点，辅助设计蛋白结构突变及进行药物小分子结构改造。
图3：人血清白蛋白-小分子对接
图4：计算预测药物与蛋白的结合位点示意图
图5：计算预测药物与蛋白的结合位点示意图
分别采用HEX，ZDOCK，Rosetta等软件进行蛋白-蛋白对接，蛋白-DNA等对接，验证免疫共沉淀，GST-pull down等实验结果，并合理推测结合位点，并考察蛋白之间结合稳定性及残基能量贡献，为实验后续结构突变改造提供指导，为文章的写作锦上添花。
图6：蛋白-蛋白对接预测结合位点及结合方式
通过分子动力学等方法，模拟蛋白,DNA及RNA等分子在不同温度，PH值，电压等各种条件下结构变化，预测不同分子间结合自由能，分析药物结合大分子后对其二级结构的影响，从而多角度阐述生物结构变化所导致的变化状况，阐明人体生物致病等生物性状机理。
图7：不同温度下蛋白结构稳定性考察
图8：不同甲醇浓度下蛋白RMSF分析
分子动力学可以预测药物对蛋白二级结构影响，不同突变体影响结构的稳定性，蛋白与蛋白结合自由能分析等，在临床、药学及分子生物学领域起到重要作用，辅助课题的研究开展。
利用Vina模拟计算软件，结合ZINC等化合物数据库，通过大规模计算虚拟筛选，分析数据库中可能潜在的结合力较高的化合物，致力于提供出色的计算机辅助药物设计支持和服务，缩短新药研发时间，为各类药物靶标提供设计解决方案。
通过与蛋白质三维结构模拟计算结合预测，彻底分析蛋白结合口袋周围理化性质、小分子结合口袋周围亲疏水作用性质、氢键作用、静电作用、范德华力作用等相互作用模式。
近年来，网络药理学成为研究中药学的重要技术手段，通过提取鉴定中药中的有效成分，通过反向找靶寻找活性成分的特定基因，通过PPI网络分析和GO富集（或者KEGG富集分析）寻找特定的信号通路，从而为抗肿瘤或者抗血压等疾病寻找理论依据，加之分子对接等模拟手段，可以让文章更为充实。
图9 PPI作用图
图10 GO富集分析
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原文始发于微信公众号（张老湿科研作图）：【服务】分子模拟服务及培训
