在Image J中如何自定义LUT文件?

在Image J中如何自定义LUT文件?
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一提到CLUT(Color Look-up table,颜色查找表),必然要知道的另一个概念是伪彩(Pseudo-color)

伪彩色(Pseudo-color)图像的每个像素的颜色不是由每个基本色分量的数值直接决定,实际上是把像素当成调色板(Palettes)或颜色查找表(Color Look-Up Table,CLUT)的表项入口地址,根据该地址可查找出包含实际R、G、B的强度值,如果图像中的颜色在调色板或彩色查找表中不存在,则调色板会用一个最为接近的颜色来匹配。通过查找出的R、G、B强度值产生的色彩不是图像本身真正的颜色,因此称为伪彩色。

Image J中将图像像素值(一般是灰度值也有可能是其他)映射到颜色文件LUT上,从而使得像素值展示不同的颜色,来展示图像中的规律,比如我们之前的推文:

Image J计算荧光Ratio并加伪彩~
Fiji内置了大量的LUT文件,Image J官网也提供不少LUT下载:
https://imagej.nih.gov/ij/download/luts/
绝大多数时候有这些LUT文件是够用了,但有时候为了彰显个性或者其他原因,可能需要自己定义一个LUT文件。

01
Image J自带的LUT编辑器


1、随便打开一张RGB图像,选择Image-Type-8bit,转成8bit图像,即将每个像素点转变为0~255的灰度值,再添加名为Fire的LUT,在像素值和LUT表示的颜色之间建立映射,就能看到所谓的伪彩效果。
在Image J中如何自定义LUT文件?
2、选择Image-Color-Show LUT,会弹出一个Look-Up Table窗口,直观地展示像素值和LUT之间的对应关系,点击下面的List,更是可以看到0~255的灰度值分别对应Fire这个伪彩下面各自颜色的RGB值。
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3、如果需要进行修改,还可以选择Image-Color-Edit LUT,单击256个像素小方格,打开对应的索引颜色进行修改。
在Image J中如何自定义LUT文件?
当然也可以在此基础上,通过Open打开其他已有的LUT文件导入新的伪彩并进行修改;或者在Set里面按照设定的模式批量进行颜色缩放设置,或者点击Invert对图像的伪彩进行反向(和Edit-Invert是不同,这里的Invert只对映射后的LUT的颜色进行反相,像素的索引值还是不变)。

但这些修改方式都过于简单,很难达到需要的自定义LUT效果。


02
使用插件修改


如果要更好地自定义LUT,需要下载安装对应的插件,比如LUT_Panel
https://imagej.nih.gov/ij/plugins/download/jars/Lut_Panel.jar
下载之后,复制粘贴到软件的Plugins文件夹下,重启Image JFiji即可使用。
1、选择Plugins-LUT_Panel2.2,打开其面板,前面RGB就是给图像单色伪彩;而Import LUTExport LUT是导入和输出LUT文件。
2、Edit LUT倒是比Fiji自带的要好用一些,单击彩色小方块,在弹出的窗口里面可以可视化地选择不同颜色模式,并在对应的颜色模式下设置不同颜色。
在Image J中如何自定义LUT文件?
3、其中最好用的可能要算Gradient LUT(渐变 LUT)功能,它可以自动生成渐变颜色,最多可以生成5种颜色的渐变色。
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4、使用非常简单。选择需要生成几种颜色之后,点击Define color就会进入颜色设定窗口,选择合适颜色模式,拉动滑块或者输入颜色值即可,选定颜色之后,点击“确定”按钮。
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5、点击Apply之后就会自动生成新的LUT文件并应用到图像上,点击Edit LUT可以看到刚刚设置的3种颜色所混成的渐变LUT效果。
在Image J中如何自定义LUT文件?

6、如果需要复用该LUT文件,可以点击Export LUT,输出到合适位置保存;或者直接输出到软件的luts文件夹,重启Image J就能看到刚刚自定义的LUT文件了。

在Image J中如何自定义LUT文件?

在Image J中如何自定义LUT文件?
在Image J中如何自定义LUT文件?
Fiji软件下载



鉴于有些同学说Fiji很难下载,下面我把Fijiwin64版和mac版放在了网盘里面,有需要的请自行下载。

链接:https://pan.baidu.com/s/1JCEtW0jMwnB3mV6jiXlatw

提取码:xol8(请复制粘贴使用提取码,我知道你们分不清1和I和l)



在Image J中如何自定义LUT文件?

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